هشت معضل اصلی درعرصه پژوهش در ایران و مشکل عمده در توسعه و تولید علم که وظیفه اصلی کلیه مراکز پژوهشی حوزه و دانشگاه و سایر مراکز پژوهشی هست و نگارنده  نیز سالها دچاربوده و هستم؛ در ذیل می آید؛ امید که در مدیریت و امورپژوهشی تحوّل موثر واقع گردد:

۱- عدم آزادی محققان مجرّب درانتخاب روش پژوهش و نیز موضوع در مراکز دولتی و...

۲- در اختیار گرفتن  فکر و قلم محقق و محدود کردن فعالیت وی در حدّ فکر و عقل و توان علمی و ... مسئولین تأئید کننده طرح پژوهشی یا موضوع پژوهش

۳- عدم پذیرش سوءمدیریت آشکار اکثر مراکز و واحدهای پژوهش از سوی مدیران غیرمتخصص واحدهای پژوهشی

۴- حصار و اولویت اطرافیان مسئولین پژوهشی و حاکمیت روابط  و... در تخصیص بودجه پژوهشی

۵- حاکمیت تبعیض جنسیتی ( مؤنث بودن یکی ازعوامل اصلی در ردّ طرح های پژوهشی حتی با استقبال و اذعان نوآوری و نیاز مبرم جامعه و...؛ با بهانه های بنی اسرائیلی بوده وهست.)

۶- تمایل مسئولین به دولتی به روش های زود بازده تحقیق بازاری غیرکاربردی و فاقد اعتبار علمی

7- عدم التزام به زبان علمی جهانی در انجام پژوهش  براساس روش تحقیق استاندارد

8- بی توجهی به بی اعتباری نتایج تحقیق حاصله از فقدان روش پژوهش یا استفاده از روش های غیراستاندارد پژوهش. اعتبار علمی و کاربردی کلیه یافته های پژوهش منوط به اعمال کامل روش پژوهش در کلیه روند بررسی موضوع پژوهش می باشد.

موارد فوق؛ در رشته علوم انسانی به ویژه علوم دینی افزایش داشته ازاین رو؛ با رکود و کاهش توسعه و تولید علم مواجه بوده و کتاب هایی با ویژگی مذکور؛ بازارکتاب را پر نموده وخوانندگان کتاب را کاهش داده است؛ درعین حال؛ بودجه های کلان پژوهشی نیزهزینه شده؛ لذا؛ نگارنده و امثال نگارنده؛ مجبوربه چشم پوشی از بودجه های پژوهشی و پرداختن به تولید علم با زحمات شبانه روزی طاقت فرسا بدون هرگونه امکانات هستیم. هرچند برخی مسئولین پس از به ثمررسیدن سالها پژوهش؛ به استقبال و تمجید در کلام می پردازند؛ ولی همچنان منتظریم؛ شاید روزی علم و پژوهش و پژوهشگر و محقّق و نویسندگان کتاب های علمی پژوهشی در جایگاه واقعی خود قرار گیرند.